目前，国内外常用的淀粉废水处理方法有沉淀分离法、化学絮凝法、单纯曝气法、生物处理法（包括活性污泥法、厌氧生物法、生物膜法、生物塘法等）、光合细菌法等。
1 淀粉分离法
淀粉不溶于冷水，可以直接通过物理沉淀使废水中悬浮物沉淀下来，一般使用沉淀池或沉淀塘。当池中发生厌氧反应时，产生的有机酸使废水pH值下降，使得废水中处于胶体状态的蛋白质形成絮凝体沉淀下来，从而提高分离效率。
2 化学絮凝法
单纯利用沉淀分离法，虽然对SS具有较高的去除率，但对BOD的去除率较低。采用化学絮凝法，可破坏胶体的稳定性，使分散状态的有机物脱稳凝聚，形成矾花从水中分离出来。化学絮凝法比物理沉淀法去除效果更好，处理时间短。
3 单纯曝气法
单纯曝气法是指用空气或含臭氧的空气对废水进行短时间的曝气，通过空气氧化、臭氧氧化以及对挥发物质的吹脱从而取得净化效果，但是一般不单独使用。
4 生物处理法
淀粉生产废水属于高浓度有机废水，不含有毒物质，可生化性好，因此，国内外常用的淀粉废水处理方法是生物法。
（1）   厌氧生物法 在淀粉废水处理中，应用最多的是上流式厌氧污泥床（UASB）工艺，它的特点是利用微生物群体本身的絮凝性能，在厌氧反应器内形成颗粒化污泥，保持高浓度微生物量，并以告诉甲烷发酵的形式处理淀粉废水中的有机物。该法具有能耗低，剩余污泥量少等优点，UASB工艺或改进的UASB工艺对淀粉废水处理效果较好，COD去除率能达到90%以上。淀粉废水处理也可以采用厌氧接触消化法，厌氧接触消化法属于第二代厌氧消化技术，由于采用将消化污泥回流至消化器的措施，可保持消化设施内较高浓度的生物量，从而提高了消化器的容积负荷，与上流式厌氧污泥床、厌氧滤床相比，厌氧接触消化法虽然负荷较低，但运行可靠，启动时间短。
（2）   好氧生物法  淀粉废水常用的好氧处理工艺有传统的活性污泥法、SBR、接触氧化法等。
5 光合细菌法
利用光合细菌（photosynthetic bacteria，PSB）处理淀粉废水，有机污染物去除率高，且投资省，占地少，菌体污泥是对人畜无害、富含营养的蛋白饲料。因此，PSB法是一种非常有前途的净化高浓度有机废水的处理技术。