目前乳品废水常采用物化处理和生物处理组合工艺。物化处理包括隔油、沉淀、气浮、絮凝等，生物处理包括厌氧、接触氧化、活性污泥、曝气生物滤池、氧化沟等。处理乳品废水常有的工艺组合有气浮+好氧处理工艺、直接好氧处理工艺、厌氧+好氧处理工艺等。
1     气浮＋好氧处理工艺
采用气浮法，主要针对乳品废水中含有较多的油脂类物质，气浮能较好地将其去除。由于气浮只能去除废水中的悬浮和胶体有机物，而溶解性有机物不能去除，因此经气浮处理后，虽出水较清，但COD含量仍然较高，不能达到排放标准的要求。一般在气浮工艺后再采用好氧工艺进一步提高出水水质。
2     直接好氧处理工艺
生物接触氧化法、活性污泥法等好氧工艺对乳品废水的处理效果较好，COD的去除率能达到90%以上，运行较稳定，但由于乳品废水有机物含量高，如不进行预处理，好氧工艺中鼓风曝气动力消耗较多，使运行费用较高。
3     厌氧或水解酸化+好氧处理工艺
由于乳品废水属于中高浓度易降解废水，厌氧或水解酸化+好氧处理工艺是最近较为常用的乳品废水处理工艺。由于大部分有机污染物通过前置的低能耗厌氧或水解酸化去除，大大减轻了好氧处理的负担，使得该组合工艺运行费低、运行稳定、处理效果好。厌氧处理常采用水解、UASB、厌氧滤池等工艺，好氧处理有生物接触氧化、活性污泥、氧化沟、曝气生物滤池法等工艺。